Oversikt over nyttige dokumenter ved innføring og bruk av NGS i molekylærpatologisk diagnostikk

På veien av NFMP har Thomas Berg samlet inn en del dokumenter som sikkert er interessant for alle som jobber med eller er interessert i molekylær patologi. O

Next Generation Sequencing (NGS) er en avansert molekylære analyse som har blitt tatt i bruk, eller er i ferd med å bli tatt i bruk i molekylær kreftdiagnostikk ved flere patologiavdelinger i Norge. NGS er en meget kraftfull og avansert metode for å undersøke ulike typer genetiske endringer i kreftsvulster, men samtidig er metoden meget kompleks og stiller store krav til laboratorier som etablerer NGS. Som enhver diagnostisk metode er viktig at laboratorier som tar i bruk NGS etablerer nødvendig kompetanse og sikrer tilstrekkelig kvalitet på undersøkelsene.

Det foreligger få formelle krav fra myndighetene for denne type diagnostikk i Norge, men det det er viktig at laboratoriene validerer metoden grundig før den tas i bruk i diagnostikk. Det er utgitt flere gode internasjonale retningslinjer for etablering og validering av NGS, samt retningslinjer for tolkning og rapportering av resultat.  Association for Molecular Pathology  (AMP) spiller en sentral rolle i utarbeidelse av retningslinjer for bruk av NGS i klinisk praksis. NGS-gruppa i NFMP anbefaler at disse retningslinjene legges til grunn for norske laboratorier som etablerer NGS-basert diagnostikk. NFMP  har her samlet en oversikt over de mest sentrale retningslinjer som er relevant for NGS-basert diagnostikk. 

=

Veiledere for implementering av NGS-basert diagnostikk
College of American Pathologists’ Laboratory Standards for Next-Generation Sequencing Clinical Tests   College of American Pathologists’ laboratoriestandard for NGS-baserte kliniske tester. Nyttig sjekkliste som omhandler de fleste viktige elementer ved innføring av NGS i klinisk diagnostikk; dokumentering, validering, kvalitetssikring, bruk av bekreftende tester, feillogger, oppgraderinger, tolkning og rapportering, tilfeldige funn, datalagring, sporbarhet, versjonsstyring og konfidensialitet ved dataoverføringer. 
Integration of next-generation sequencing in clinical diagnostic molecular pathology laboratories for analysis of solid tumours; an expert opinion on behalf of IQN Path ASB. Anbefalinger fra en europeisk ekspertgruppe i International Quality Network for Pathology (IQN Path). Ekspertgruppen definerer dette som en konsensusstandard. Publikasjonen gjelder først og fremst mutasjonsanalyse på solide tumorer og omhandler blant annet valg av teststrategi, implementering av tester i klinisk sammenheng, krav til materiale, dataanalyse og rapportering av resultat.
Veiledere for validering NGS-basert diagnostikk
Guidelines for Validation of Next-Generation Sequencing-Based Oncology Panels. A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology and College of American Pathologists. Validering av NGS-baserte genpanel for kreftdiagnostikk Testing med bruk av genpanel er den er mest aktuelle strategien for diagnostisk bruk av NGS. Denne veileder gir grundig gjennomgang av krav for validering.
Standards and Guidelines for Validating Next-Generation Sequencing Bioinformatics Pipelines. A Joint Recommendation of the Association for Molecular Pathology and the College of American Pathologists Validering av NGS bioinformatikk pipelines for kreftdiagnostikk Veileder beskriver en  meget omfattende valideringsprosess for NGS bioinformatisk pipeline som vil være utfordrende å følge helt, men laboratorier bør  i størst mulig legge til grunn disse retningslinjene.
Veiledere for rapportering og tolkning av genetiske varianter i kreftdiagnostikk
Standards and Guidelines for the Interpretation and Reporting of Sequence Variants in Cancer: A Joint Consensus Recommendation of the Association for Molecular Pathology, American Society of Clinical Oncology, and College of American Pathologists.   Disse retningslinjene legger til grunn at kriterier som benyttes for tolkninger av varianter skal være evidensbaserte. Varianter klassifiseres etter klinisk betydning i et «fire tier» system.
ESMO Scale for Clinical Actionability of molecular Targets (ESCAT)   System for klassifisering av behandlingsrelevans for molekylære mål ESMO-gruppe som har utarbeidet en skala som de kaller ESCAT. Det er en tier-ranking med 5 klasser basert på kunnskapsbasert (evidens) klassifisering basert på klinisk actionability (behandlingsrelevans).  
Andre nyttige lenker for NGS-basert diagnostikk
https://oncologypro.esmo.org/Education-Library/Glossary-of-Precision-Medicine/ESMO-Precision-Medicine-Glossary   Ordforklaring for begreper i presisjonsmedisin  
Personal cancer genome reporter (PCGR) utviklet ved OUS     Verktøy for tolkning og rapportering av de ulike typer somatiske varianter som påvises i kreftsvulster (SNV/InDels og kopitallsendringer)  
Alissa Interpret for Molecular Pathology Sophia Genetics Illumina BaseSpace ThermoFisher IonTorrent   Lenker til eksempler på kommersielt tilgjengelige system for tolkning og rapportering av somatiske mutasjoner/genetiske endringer identifisert ved NGS.  

Leave a Reply

Din e-postadresse vil ikke bli publisert. Obligatoriske felt er merket med *